作为医圣李时珍最后的弟子，主角李鹤卿在师父逝世后，肩负补全《本草纲目》未尽部分的遗命，持着记录奇症异药的《未央卷》踏遍大明万里山河。他以本草为舟，以医术为桨，在治愈一个个血肉之躯的同时，亲历江湖险恶、朝堂诡谲与人性百态，与苗疆蛊医传人结下不解之缘，和太医院天才亦敌亦友，最终直面利用医药祸乱朝纲的权宦，从一个只知药方的赤诚少年，成长为真正理解“医者仁心”为何物，并为时代疗伤的一代大医。
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